Aunque en el término municipal de San Juan del Puerto existen vestigios romanos y musulmanes, fue fundado en el siglo XV, a través de la Carta Puebla concedida por los Guzmanes en 1468.
Con una población cada vez mayor, a principios del dieciséis se construye esta Iglesia Parroquial de San Juan Bautista, en estilo tardo-mudéjar, con ampliaciones y reformas posteriores de estilo barroco.
La construcción original tenía otra forma y era más pequeña que la que podemos ver en la actualidad, pero se ha ido ampliando con el paso de los años, adaptándose a las necesidades de la población.
Con una planta basilical de tres naves, su belleza es motivo de orgullo para los sanjuaneros.
Pero tienen más razones como sus retablos, esculturas, la rica orfebrería o la increíble imaginería que alberga su interior. Así, encontramos imágenes del barroco andaluz como la de la Virgen Dolorosa y la de San Juan Bautista, que formaban parte del desaparecido retablo mayor, obra de Diego López Bueno, de 1610 o el Cristo de la Misericordia, labrado en 1591 por Juan de Oviedo.
De entre todo el conjunto destacan las pinturas de la capilla mayor, realizadas por José Corbalán en mil setecientos ochenta y uno y restauradas en 2009 por Jesús Mendoza que, sin duda, les ha devuelto todo su esplendor.
Con dos portadas, la del Sol y la de la Sombra y una gallarda torre, cuyos azulejos brillan bajo el sol del verano, su exterior presenta una hermosura innegable.